まあそもそもRPGの通常戦闘向けに作られたキャラをシミュレーションモドキにそのまま転用することに無理があるんですが、初期キャラはそれでもまあゲームとして成り立っていなくもないバランスでした。
ただデイリーミッションに入れて無理矢理やらせるほどのミニゲームではないことには変わりありません。

その上、制作側の方針でパラメータ調整において弱体化がありません。
インフレする一方ですので、うっかりバランスの崩れたキャラを出したら、他を強化して補うしかありませんが、キャラのコンセプト上、不可能な者もいますし、通常戦闘への影響も考えねばいけません。
かなり詰んでます。

現状で最大の問題は、配置自由の存在です。
これがガンなんですよね。
この機能がノーペナルティで存在する以上、ゲームとして不毛になることは避けられません。
みんなやることとしては、配置自由で低コストなキャラを強化して頭上に落とし合うことになります。
せめて配置自由のユニットはコストが大きいとか、ダメージが僅少とか、状態異常が少ないとかいう縛りがあればいいんですが、そうではありません。

次にワンパンキャラの増産です。
最近追加されているキャラはだいたいこれですね。
基本的にワンパンで相手を倒せるのですから、後手有利になります。
何度か終了間際まで双方キャラを出さずににらみ合ったことがあります。
とてつもなく不毛でした。

問題点は他にも大量にありますが、目立つ問題点はこんなところと考えております。
この2点を何とかしたところで他にもCT0とか飛び跳ねる系のスキルとか、問題点はたくさんありますし、そもそもゲームシステムが基本から詰んでいますので、面白くするにはデュエルはデュエルで独立させる必要があると考えます。

なんだかキャラストニュースやキャラストTV見てると、デュエルを盛り上げようと必死になっていますが、そもそも基本から詰んでるゲームになぜそこまで肩入れするのか、理解不能です。
まあここまで肩入れしちゃったんで、後に引けなくなったんでしょうね。
今からでも遅くないので、やりたい人だけやればいい扱いに変えれば、少なくとも新人の定着率は格段に上がると思われます。