2019/10/8追記
10/8メンテで修正されました。
https://masters.caravan-stories.com/news/paimwxtj#21

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2019/9/27追記
「現在の対応状況」に載りました。次回メンテ（10/1）で修正される模様です。
討伐対象の死亡スキル発動中に勝利すると討伐数にカウントされない
https://webview.caravan-stories.com/report/bug190926-4/

追記2
修正に時間を要しているということで、10/1の修正予定は延期になる模様です

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ワルチャで「ボーンファイターを倒してもカウントされない」というお話がありました。
確認したところ、原因は死亡時スキルに関連している模様です。
同じような事象にはまる方もいるかもしれないので、情報共有として記載しておきます。

＜発生する事象＞
ボーンファイターを倒しても討伐数にカウントされない場合がある

＜原因＞
ボーンファイターが死亡時スキルを使う前に戦闘が終了すると討伐数にカウントされない

＜説明＞
・　ＳＳ１枚目
　討伐数にカウントされるケースです。
　ボーンファイターを倒した時点で、他の敵がまだ残っています。
　他の敵が残っているため戦闘が継続します。
　ボーンファイターは死亡時スキル「復活回転切り」を使ってから死亡します。

・　ＳＳ２枚目
　討伐数にカウントされないケースです。
　わかりやすくイツキでまとめて吹き飛ばしています。
　この場合、ボーンファイターが死亡時スキルを使い切る前に戦闘が終了してしまいます。

＜対応方法＞
・　討伐数にカウントするためには、うまいこと先にボーンファイターを倒してください

・　死亡時スキルをしっかり使って崩れさせてあげてください

＜個人的な推測＞
以前は死亡時スキルを使い切ったところで戦闘終了になっていました。
ソロが実装された関係で、死亡時スキルを使い切ってから戦闘終了というロジックでは、いつまでも戦闘が終わらないということが起こります。
そのため、死亡時スキルの使用を待たずに、生き残っているユニットがいなくなった時点で戦闘終了とするように変更したのではないでしょうか？

そうであれば、死亡時スキルの使用前に、倒した段階で討伐数にカウントしてもらわないと厳しいですね…（・ω・　）

＜ついでに補足＞
戦力が十分にある方は、常闇の草原Ｅ６のシャドウナイトの召喚するボーンファイターがオススメです(/・ω・)/