敵が消える現象はゴールドダンジョン以外でもたまに発生するようですね。

チャンネル移動するか、ゲーム内時刻で1時間に1回発生する敵の再配置で復活するようです。

ゲーム時間でｎ時０分の敵配置がリセットされるタイミングでゴルダンに入ると発生するらしいです。
結構前から言われてるのに放置されているということは
直す気が無い or 直せない(技術力不足) のどちらかでしょうね(´・ω・｀)

ログアウト中は残り時間が減りませんのでこの現象が発生した時はリログするといいですよ

このゲームは通信量削減のためにMOBの状態を常に通信していないと思われます。
なので、マップ移動の読み込み時やゲーム内時間００分の一括リロードの際に情報の受け渡しがうまくいかないとMOBが消える現象が起こります。

プレイしている端末で処理できなかったか、通信環境が悪く受信できない等が原因と思われます。
対策としてはご自分の端末の処理能力を上げる、通信環境を良くする等が一番効果的です。
もちろん、リログすることでも一時的な対処は可能です。

サーバ側で対策する場合、常時MOB情報のやり取りをするという対策がありますが、通信量が激増してしまうため、スマホでプレイされている方はあっという間にパケット上限に達してしまう恐れがあります。

なので対策のしどころが非常に難しい問題です。
推測を並べてはいますけれど、状況を見る限り大きく外れてはいないと思います。

ちなみにトピ主さんのプレイ環境はどんな感じでしょう？