千年樹の花が昼夜どちらかはわからないのですが、もし夜素材だったら……
夜中0時過ぎに(0時にフィールドマテリアル切り替えのアナウンスあるので)行ってみるか、
それで無ければ夜中3～4時の間に見に行ってみてください。
注意点は、3時に沸くタイプの素材だと4時に消えるので時間に遅れないように。
0時沸きのだと3時まであります。

ネタバレかも...キャラバンポスト、オレスト渓谷脇道のオオカミが沸くポイント奥にいる、アロンゾのクエスト報酬でもらえました。