他キャラですが同じく短縮アイテム使って完了させたら全くレベル上がってませんでした。最初は勘違い？と思いましたが同じことが何度か起こり確信しました。
おそらくキャラバン内で直接育成器をタップするとこの不具合出るようです。
フィールド上で左側に出る育成完了のお知らせからタップした時はちゃんと育成後のステータス窓出てましたから。
気づくまで何度も育成時間とアイテム無駄にさせられました、ほんと返してほしい…。どうせ個別対応はできないって言うんでしょうけど…

なんと！
ということは以前からあった放置されてるバグなんですね。
問い合わせてもいつもの「調査する」ってテンプレ回答でした。対応状況の方も掲載されてるバグの修正をするのはそれとして、掲載されてなかったものをこっそり修正したりしますからね。困ったものです。

追記です

改めて試したところ、キャラバン外通知から育成完了タップしても育成器A～Cのうちひとつしか正常に育成されていませんでした。ひょっとしてずっと育成器Aしかまともに動いてなかったんじゃ…と思い至って震えてます。育成完了のSE聞こえないこと以前からあったし…。こんな増設の意味ないことって…直らないなら設置分クリスタル返してほしいレベルです