今日は。
「☆3から☆5へ装備変更したら、ルーンがひとつもついていませんでした。」とのことですが、装備付け替え時、元の装備のルーンはそのまま新しい装備に移行されるのではなく、全てキャラバンの倉庫に返還されます。
もし倉庫に返還されてないようであれば不具合なので直接運営に問い合わせをおすすめします。