ビーストを進化させる宝珠は謎のビースト以外に、
・そのビーストの☆5をフィールドで倒したときに極まれにドロップする
・イベントのショップやクエストの報酬等で手に入れる
の二つで手に入れることができます。
ベビードラゴンの宝珠は年末年始のイベント中にショップにあったんですが、手に入れてなかったら、そのビーストのレアリティ５のキャラを延々と倒し続けるしかないでしょうね...(; ･`д･´)

低確率でビーストが落とすことがあると聞いたことがあります。

今は謎の○○はマップ上一個だけの仕様。イベントの交換宝珠は複数可。
前生放送にビースト星６に進化消費の宝珠が多いため、配布などの方法が考えているらしい。チャンスはあると思う。
ちなみに、ベビードラゴンは新年のイベントで宝珠交換できる且つイベントマップのベビードラゴンは確定変異です。復刻の可能性を考えたら、今マニアだけを貯めて方が良いではないかな。
私は新人ですから、知っていることはこのくらいです。足りない部分は許してください。