私も同じ経験をしたんですが結論から言うとレベルアップです。
おそらく重要な施設（クリスタルポンプ・貯蔵庫、ゴールドポンプ・貯蔵庫）以外があまり育ってないのではないでしょうか？
時間はかかってしまいますが
装備合成・装備作成・素材倉庫>装備倉庫>スフィラ貯蔵庫>スフィラポンプ>ビースト倉庫
の優先順位で上げていきました。
装備関連は後々修練でお守りを節約するため、新しく仲間が入ってもすぐに武器☆3以上を準備できるようにするため優先させました。
新しい施設（アニマ交換機など）もできたので、それでもいいと思います。