ども、30年前のプログラマです。

ってどういうこっちゃ？？？
と、最初はわけがわからなかったのですが、なんとなく想像がついてきたので、解説を試みます（あくまでも推測です）。
既に誰かが解説してくれてるかもしれませんが、少しでも多くのユーザーの参考になれば。
（意訳：探すのめんどい）

【回避方法】

1.ネロの実行委員前で同じチャンネルに集まって、PTメンバーが見えることを確認
2.PTリーダーが最初に入場する
　　（他の人でもいいけど決め直すの面倒だろうし）
3.他のメンバーはリーダーが消えてから数秒後に入場する
　　これは2人同時でも構わない。

これでもチャンネルが分かれる場合があり得ますが、それは討滅の部屋が満員なのと似た状況なので、諦めましょう。

回避方法だけ知りたい方はここまで読めばOKです。お疲れ様でした。

【なぜそうなるのか】

つまりシステムは何をしているのか、ってことを推測します。

キャラストのシステムでは、ワープ先に既にPTメンバーがいる場合は優先してそのチャンネルに移動できますが、それは言い方を変えれば

ということですね。
2人以上が同時に移動しようとすると、

ということになるので、各メンバーに個別に

がされてしまい、混雑時には別のチャンネルになってしまう可能性が高いわけです。
（よほど空いている時間帯なら大丈夫でしょうが）

そこで回避方法は、

最初に1人が入場
↓　←システムがその人に対してチャンネル割り当て
他のメンバーが入場
↓　←システムが先に入った人を検出して同じチャンネルを割り当て
ただしチャンネル定員を超える場合は入れない（※追記参照）

ということになります。

※追記
コメントで補足説明いただきましたように、チャンネル定員が6人らしいので
2人PTやソロの人がいる場合、後から入る人が「7人目」になる可能性があり、
正確には「同じチャンネルに入れない＝別チャンネルが割り当てられる」
ということになります。
定員6人のところ3人も入ってたら「すいてる」とは言えないんじゃないかなぁ？
とは思いますが、最初に入る人がPT組んでるかどうかまではシステムがチェックしてない気もする。
（追記ここまで）

同様に定員のある討滅ではなぜバラバラにならないかというと、討滅の場合は

部屋を立てる人は必ず1人（ここ重要）
↓　←システムが部屋に対してチャンネル割り当て
↓　←「部屋＝チャンネル」が成立する
後から入る人は部屋を選択した時点でチャンネルを選択したことになる

というわけです。
システムの動作はブレてない。

【だからって運営に落ち度が無いわけではない】

討滅との比較で気づいた人もいるかと思いますが、

・討滅の場合は部屋に入る前に満員かどうかわかる
・WDDではチャンネルにいる人数がわからない

もうひとつ、ノーファスライルなどのイベントレイドでPT組んだ場合と比較すると

・イベントレイドでバラバラになったら一旦別の場所に移動して再ワープすると合流できる
・WDDはチケット制なので一旦出ると損をする

というところが不親切かと。
そもそもなんでチケット制PT推奨ダンジョンにしちゃったんだ？
同じチケット制ダンジョンでも、例えばカラクリダンジョンはソロで行けるので問題は少なかった気がします。
そのあたり、もう少し工夫して欲しかったかな。